Captain Benjamin Sisko ist der ikonische Kommandant von Deep Space 9, eine charismatische Führungspersönlichkeit und ein liebevoller Vater. Und als ob es nicht schon genug wäre, eine Raumstation zu leiten und seinen Sohn Jake großzuziehen, muss Sisko auch noch die Bürde auf sich nehmen, der Beschützer und spirituelle Führer des gerade befreiten Bajor zu sein - eine Aufgabe, in die er sich im Laufe der Zeit eingelebt hat und in der er seine Fähigkeit unter Beweis stellt, selbst die anspruchsvollsten Herausforderungen zu meistern.
Trotz seines Erfolges als Kommandant von Deep Space 9 war Sisko bei seiner Ankunft auf der Station nicht gerade begeistert. Einige Jahre zuvor war er in die Schlacht von Wolf 359 verwickelt, einem Borg-Angriff im Sol-System. Bei dieser Schlacht verlor er tragischerweise seine Frau, aber sein Sohn Jake überlebte. Sisko erwog, angesichts seiner Trauer und seiner neuen Alleinerziehendenschaft aus der Sternenflotte auszutreten, akzeptierte aber schließlich, dass sein Platz an Bord von Deep Space 9 war.
Bei seinem ersten Besuch auf Bajor wurde Sisko zum Abgesandten der Propheten ernannt, der Außerirdischen, die im Wurmloch oder im "Himmelstempel" leben. In den folgenden Jahren begegnete Sisko den Propheten mehrmals und erfüllte sogar alte bajoranische Prophezeiungen, was seine Rolle als Abgesandter festigte. Schließlich entdeckte er, dass seine eigene Mutter eine Prophetin war und dass die Existenz von "Sisko" beabsichtigt war.
Sisko ist sehr stolz auf seine Herkunft aus New Orleans und hat sich die Vorliebe seines Vaters für die Zubereitung kreolischer Gerichte mit frischen, nicht replizierten Zutaten bewahrt. Wenn er nicht gerade mit den Propheten kommuniziert, diplomatische Feuer löscht oder sich mit der drohenden Gefahr eines Krieges befasst, ist er dafür bekannt, Dinnerpartys für seine Freunde an Bord von Deep Space 9 zu veranstalten.